東大病院をはじめとする大学病院は、質の高い先進医療の開発と実践、卒前卒後教育、臨床研究などを効率よく推進していくことが、常に求められています。
2004年4月から、法律に基づいて、東京大学は国立大学法人東京大学となりました。法人化に合わせ、医学部附属病院も大きな組織再編を行いました。具体的には、病院執行部の設置とともに、4つの運営支援組織（企画経営部、人事部、医療評価・安全・研修部、教育研究支援部）および3つの診療運営組織（入院診療運営部、外来診療運営部、中央診療運営部）の立ち上げがあります。このような診療科横断的な組織が出来ることによって、医学部附属病院の運営体制はより強化されました。

企画経営部は、病院長の管理の下に、病院執行部の業務を円滑に遂行するための病院運営支援組織として、（1）病院の管理運営等に関わる情報分析　（2）情報分析に基づいた企画と経営支援　（3）中長期計画並びに財務計画の立案とその実行支援を行っています。

1982年　3月　 将来計画準備室設置
1994年　1月　 病院将来計画推進室　（名称変更）
2001年　4月　 新病院整備企画室　　（名称変更）
2001年　11月　経営改善企画室設置
2004年　4月　 企画経営部設置