東京大学脳神経外科学教室の歴史は、昭和26年に診療科として設置された時までさかのぼります。
初代教授 佐野圭司先生が昭和37年に外科学第三講座担任となり、翌年（昭和38年）に脳神経外科学講座と改名しました。その後高倉公朋教授、桐野高明教授、斉藤延人教授が教室および脳神経外科学の発展に尽力され，現在に至っています。
脳神経外科の扱う疾患は、脳腫瘍、脳血管障害、脊椎脊髄疾患、機能的疾患、小児奇形、頭部外傷などで、外科の一分野でありながら神経学、神経科学、オンコロジー、画像診断学などの幅広い知識と経験を必要とします。この分野の進歩は著しく、CT、MRIなどの画像機器の進歩により頭蓋内の病変が描出できるようになって外科治療の対象となる疾患が拡大してきました。同時に手術顕微鏡の導入をはじめとする様々な治療手技の開発により、治療成績は向上しました。
東京大学脳神経外科およびその関連施設が推進している脳神経外科専門医教育プログラムは、毎年優れた脳神経外科のスペシャリストを輩出しています。現在、全国の様々な大学や関連病院で活躍している東京大学脳神経外科出身の医師は400人を数え、当科の主催する後期研修プログラムは、これらのドクターの協力を得ながら行われています。
現在、東京大学脳神経外科は、教授1名、准教授1名、講師2名、特任講師2名、助教8名、医員 4名、後期研修医4名、大学院生18名によって構成されています。
脳神経外科専門医37名、脳卒中専門医16名、てんかん学会専門医3名、脳血管内治療指導医2名/専門医9名、内視鏡認定医4名、臨床遺伝専門医3名を有しています。
病棟での診療は、脳腫瘍（良性・悪性）、血管障害、てんかん・機能的疾患、脊髄疾患、小児、ガンマナイフなどの治療チームに分かれ、様々な疾患の診療にあたっています。
一方、研究では、血管障害・再生グループ、脳腫瘍グループ、脳機能てんかんグループ、以降連携ニューロメカトロニクス開発グループに分かれており、助教・大学院生を中心に研究を進めています。
