東京大学脳神経外科では関連病院と協力して、脳神経外科専門医教育を、一貫したプログラムのもとに行います。
このプログラムは、レジデンシープログラム（専門医前研修プログラム）と、サブスペシャリティープログラム（専門分野強化プログラム）の二つの時期に区分されます。
サブスペシャリティープログラムは、専門医を取得した後に、脳神経外科医としてより高い専門性をもち、全国の医療機関で指導医として活躍することのできるスペシャリストの育成を目的としています。このプログラムでは、大学及び各関連病院の提案するプログラムの中から、各自の志向性により専門分野を選択し、中心とした教育を受けることができます。コースは各自の希望を最大限に尊重すべくマッチング方式等で決定されます。この専門分野強化プログラムは、卒後10年頃までに完了し、専門医教育としての当科での後期研修プログラムは終了します。
現在、以下のような６つのサブスペシャリティープログラムがあります：
- 脳卒中治療プログラム
- 頭蓋底外科・良性脳腫瘍治療プログラム
- 脳腫瘍外科・Neuro-oncologyプログラム
- 脊髄・脊椎外科プログラム
- 機能的脳神経外科プログラム (てんかん、不随意運動など)
- 血管内治療プログラム
- 定位放射線治療・定位脳手術プログラム
