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東京大学脳神経外科では関連病院と協力して、脳神経外科専門医教育を、一貫したプログラムのもとに行います。
このプログラムは、レジデンシープログラム（専門医前研修プログラム）と、サブスペシャリティープログラム（専門分野強化プログラム）の二つの時期に区分されます。

レジデンシープログラムでは、初期卒後臨床研修終了後、脳神経外科の研修をスタートし専門医を取得するまでの期間に、脳神経外科疾患一般の手術・診療ができるようになることを目指します。基本的な知識を広く学べるように、血管障害や脳腫瘍、脊椎疾患などを扱う年間手術件数の多い施設を中心に研修を進めます。各年度ごとにそれぞれの経験に不均一が生じないように複数の病院においてトレーニングを行います。

レジデンシープログラムのスケジュール

１年目：
（卒後３年目）		 大学病院を中心に、脳神経外科診療に欠くことのできない基本的な知識と手技を学びます。
２−４年目：
（卒後４−６年目）		 関連病院を中心に、多くの症例を幅広く経験することで、様々な脳・神経疾患に対する手術手技や術前術後管理の方法について、実践を通して学びます。
４年目以降：
（卒後６年目以降）		 レジデンシープログラムにおける修得目標の最終確認として、再度、大学病院での研修を行います。この研修の前後に専門医試験を受験します。