当科では、毎週月、水、金にクリニカルカンファレンス及び教授回診が行われます。
ここでは、入院患者の経過・神経所見・画像診断を総合的に判断し、治療方針の決定、手術のプランニングから、術後退院までの患者経過の検討が行われます。
また、各研究室の研究進展状況を発表する研究室カンファランスを、毎週 金曜日の朝に開催しています。

火、水、 木曜日が脳神経外科の定時手術日となっており、毎週2〜6 件の手術が行われています。
ここでは指導医の下、術前術後検査・手術手技・病棟での患者管理について必要な知識と基本手技を学びます。また、時に瀕死の状態で搬送される救急患者についても指導医の監督のもと、迅速かつ適確な判断と処置を学びます。
2013年度(平成25年度)の東京大学病院での脳神経外科年間手術件数は、定時と緊急手術の合計で471件でした。これらの内、脳腫瘍に対する手術160件、脳動脈瘤等の血管障害の手術47件、てんかん等の機能外科手術77件でした。ナビゲーションシステムや術中脳機能モニタリングを駆使した機能温存的手術が行われているのも特色で、当科での手術における特徴の一つです。

当科では、定期的に全教室員および学生を対象に、神経病理カンファランス(神経病理、神経放射線、神経内科と合同)、神経放射線カンファランス(神経放射線、神経内科を合同)を開催しております。
ここでは、神経疾患に対する病理組織所見と画像診断について、基本的な知識から最新の知見まで、幅広い議論がなされます。
さらに、全国の関連大学および関連施設より当科出身の脳外科医が集まるクリニカルカンファランスも 、定期的に開催されています。