東京大学脳神経外科の後期臨床研修プログラムでは、以下のような優れた関連病院脳神経外科の指導者との協力により、専門医教育が行われています。これら関連病院脳神経外科において、各分野で卓越した技術を持つ専門医からの直接の指導を受けられることが、このプログラムの大きな特徴です。

 
国立国際医療センター
国立がんセンター
日赤医療センター
NTT東日本関東病院
JCHO東京新宿メディカルセンター
(旧東京厚生年金病院)
東京都立墨東病院
東京都立神経病院
東京都立多摩総合医療センター
がん・感染症センター都立駒込病院
公立昭和病院
三井記念病院
富士脳障害研究所付属病院
寺岡記念病院
東京都健康長寿医療センター