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東京大学脳神経外科の後期臨床研修プログラムでは、以下のような優れた関連病院脳神経外科の指導者との協力により、専門医教育が行われています。これら関連病院脳神経外科において、各分野で卓越した技術を持つ専門医からの直接の指導を受けられることが、このプログラムの大きな特徴です。

　
国立国際医療センター
http://www.imcj.go.jp/imcjhome.htm
国立がんセンター
http://www.ncc.go.jp/jp
虎の門病院
http://www.toranomon.gr.jp/
日赤医療センター
http://www.med.jrc.or.jp/
NTT東日本関東病院
http://www.ntt-east.co.jp/kmc/
JR東京総合病院
http://www.jreast.co.jp/hospital/
東京逓信病院
http://www.tth-japanpost.jp/
東京厚生年金病院
http://www.tkn-hosp.gr.jp/
東京警察病院
http://www.keisatsubyoin.or.jp/
http://plaza.umin.ac.jp/KOHNO/Staff.htm
関東中央病院
http://www.kanto-ctr-hsp.com/
http://www31.ocn.ne.jp/~yoshimoto/
関東労災病院
http://www.kantoh.rofuku.go.jp/
都立墨東病院
http://www.byouin.metro.tokyo.jp/
shoukai/map/bokutoh.html
都立神経病院
http://tmnh.jp/
都立府中病院
http://www.fuchu-hp.fuchu.tokyo.jp/
都立駒込病院
http://www.cick.jp/
公立昭和病院
http://www.kouritu-showa.jp/
三井記念病院
http://www.mitsuihosp.or.jp/
埼玉県立循環器呼吸器病センター
http://www.pref.saitama.lg.jp/
A80/BA01/scrc/
会津中央病院
http://www.onchikai.jp/index.htm
富士脳障害研究所付属病院
http://www.fuji-nouken.or.jp/
亀田総合病院
http://www.kameda.com/index.html
寺岡記念病院
http://www.teraoka-hosp.jp/