現在当院には、寄付講座36講座、社会連携講座1講座が設置されております。

東京大学における寄付講座とは、個人又は団体の寄附による基金をもってその基礎的経費を賄うもので、学部及び研究科等の大学院組織等に置かれる講座をいいます。社会連携講座とは公益性の高い共通課題について、東京大学と共同研究を実施しようとする民間機関等から受け入れる経費等を活用して、学部及び研究科等の教育研究を行う大学院組織等に置かれる講座をいいます。

なお、上記37講座のうち、寄付講座20講座および社会連携講座1講座は、新たな臨床医学や医療関連サービスの研究と開発を行う組織である「22世紀医療センター」に設置されています。